Kurô Kumogakure a réussi le test d'entrée au lycée Kôdan. Afin de mener à bien sa mission, Katô, son supérieur direct, lui fournit une moto un peu spéciale et des armes dernier cri. Pour son premier jour d'école, le jeune ninja décide de se rendre au lycée en compagnie de Noguchi, la fille à la coloration blonde, et d'Eita, le reclus. Une fois au lycée, Kurô tombe sur des rivaux déjà infiltrés et sur une bande de jeunes filles surmaquillées qui semblent être du côté de l'ennemi.
La vie lycéenne de Kurô s'annonce-t-elle désespérément orageuse ?
