L'Ile mystérieuse raconte l'histoire de cinq personnages : l'ingénieur Cyrus Smith, son domestique Nab, le journaliste Gédéon Spilett, le marin Bonadventure Pencroff et l'adolescent Norbert. Pour échapper au siège de Richmond où ils sont retenus prisonniers par les Sudistes pendant la guerre de Sécession, ils décident de fuir à l'aide d'un ballon. Pris dans un ouragan, ils échouent sur une île déserte qu'ils baptiseront I Te Lincoln. Après avoir mené une exploration de l'île, ils s'y installent en colons et commencent à la civiliser. Une présence semble veiller sur eux et les aider dans toutes les circonstance difficiles, voire tragiques.
