Le théâtre des événements est le Sanctuaire, où repose la sorcière... Subaru Natsuki, un lycéen subitement invoqué dans un autre monde, est parvenu à vaincre l'évêque de la Paresse du Culte de la Sorcière et a fêté ses retrouvailles avec Emilia. En ramenant les villageois d'Alain jusque chez eux, nos deux jeunes héros ont la surprise de ne pas y retrouver l'autre moitié des habitants confiée aux soins de Ram et Roswaal, pourtant censée être déjà rentrée.
Décidant de se rendre au manoir pour essayer d'en savoir plus, Subaru y fait la connaissance d'une soubrette inconnue qui lui apporte des précisions sur ce qu'est le "Sanctuaire", l'endroit où sont allés le marquis et sa servante. Mais de nouvelles péripéties les y guettent...
