La Team Rocket, avec à sa tête le terrible Giovanni, a semé le chaos à travers l'archipel des Iles Sevii. Leur objectif est un mystérieux Pokémon venu de l'espace capable de changer d'apparence : Deoxys. Rouge, Bleu et Verte partent à l'assaut de la Tour Dresseur pour contrecarrer les terribles plans qui menacent la région de Kanto. Mais les exactions de Giovanni cachent une motivation toute particulière...
