Alors que Dirk Pitt et son épouse font de la plongée au large des côtes chiliennes, profitant de vacances bien méritées, un cargo surgit, percute leur embarcation et fonce droit sur un paquebot de croisière. L'intrépide directeur de la NUMA, qui vient d'échapper à la mort, parvient à le stopper et découvre, avec effroi, un cadavre aux mains étrangement noircies à la barre. A quelques kilomètres de là est retrouvé le corps d'un physicien dont les travaux classés top-secret menaceraient la sécurité des Etats-Unis s'ils tombaient entre de mauvaises mains... Ces deux événements semblent mener à la mystérieuse disparition, en 1943, d'un sous-marin italien. Dirk et Summer Pitt, accompagnés d'Ann, séduisante agent du NCIS, partent sur les traces du précieux prototype. Ils ne se doutent pas que leurs découvertes dépasseront de loin tout ce qu'ils avaient pu imaginer...
