Trois espèces intelligentes se partagent inégalement la planète Lusitania : les Pequeninos qui en sont les indigènes, les humains qui l'ont colonisée récemment et la Reine d'une ruche étrange qui y a été amenée par Ender le Stratège, appelé aussi la Voix des Morts.
Mais il existe sur Lusitania une quatrième espèce, un virus, la descolada, mortelle pour les humains et pour la Reine qui la tiennent difficilement en échec, mais qui est indispensable à la reproduction très particulière des Pequeninos.
La petite colonie humaine de Lusitania pourrait éradiquer le virus. Mais elle risquerait alors de commettre deux fois le crime inexpiable de xénocide, la destruction irrémédiable d'une espèce intelligente. D'abord, en interdisant aux Pequeninos d'entrer dans leur troisième vie et de se reproduire. Ensuite, en éliminant un virus si adaptable que certains le considèrent comme conscient.
Un xénocide : le crime qu'Ender lui-même a commis plus de trois mille ans plus tôt dans sa guerre interstellaire contre les Doryphores (La stratégie Ender) et qu'il n'a eu de cesse d'expier depuis (La voix des morts).
Avec l'aide des Lusitaniens de toutes espèces, celle de sa sœur Valentine et celle enfin des sages de la Voie, une planète de culture chinoise traditionnelle, Ender parviendra-t-il à éviter que le Congrès stellaire détruise Lusitania et tous ses habitants avant que la descolada ne se déchaîne à travers toute la galaxie ?
Dans le prolongement de La stratégie Ender et La voix des morts qui ont obtenu tous les deux les prix Hugo et Nebula, Xénocide est un des futurs classiques de la science-fiction.
