Maël et Johan se rendent au Japon pour la première fois. Leur père, un célèbre auteur de roman policier, doit se rendre à un événement culturel dans La ville historique de Kyoto. Trois cours plus tard, les deux adolescents retrouvent leur chambre d'hôtel cambriolée. Leurs parents ont disparu et n'ont laissé qu'un mot sur lequel ils leur ordonnent de ne faire confiance à personne ! Poursuivis à leur tour par de mystérieux hommes en noir et perdus dans une ville de plus d'un million de Japonais, les deux frères tentent tout ce qu'ils peuvent pour retrouver leur parents.
Mais toute cette histoire soulève un doute... Et si leur papa était un agent secret ?