Lorsqu'un scientifique séparatiste et sa dangereuse invention disparaissent en pleine Guerre des Clones, la Clone Force 99 est envoyée à leur recherche afin d'empêcher l'appareil de tomber entre de mauvaises mains. Mais à leur arrivée dans le laboratoire abandonné, Hunter, Wrecker, Crosshair et Tech réalisent bien vite qu'ils ne sont pas les seuls sur les traces du scientifique. Cette mission ne ressemblera à aucune de celles qu'ils ont connues auparavant !
Le duo derrière The Bad Batch - Ghost Agents revient avec une nouvelle histoire consacrée à l'équipe que les fans ont suivie pendant les trois saisons de la série animée.