En mai 1797,le climat politique s'aggrave, amenant d'abord le 13 Vendémiaire puis le 18 Fructidor qui font vaciller la jeune république sans la faire tomber. Ces troubles amènent la déportation du général Pichegru pour soupçons d'accointances avec les royalistes. Pendant ce temps, le jeune colonel Bonaparte est devenu général, a épousé Joséphine de Beauharnais et a reçu comme récompense pour sa fidélité et les services rendus le commandement de l'armée d'Italie. Sa campagne d'Italie étant un succès, il s'attaque alors à l'Égypte d'où il doit revenir en 1799 sans avoir atteint ses objectifs et avec l'idée de renverser le gouvernement.
