A l'approche du Conseil des cinq, qui doit asseoir la légitimité du nouvel empereur monté sur le trône suite à la mort de son père, l'empire et ses cinq clans sont plus que jamais divisés. Le clan Phénix est dans une position particulièrement critique : la dernière Incarnation du Phénix est morte depuis plus de cent ans, l'empereur tente d'utiliser la loi sacrée pour mettre le clan sous tutelle lors du Conseil des cinq clans.
Chihiro, jeune moine aveugle et servant du Phénix, lutte contre cet asservissement en sillonnant l'empire à la recherche d'une nouvelle Incarnation. Désespérée par son mariage malheureux, la jeune miko prénommée Aïko (déjà vue dans le T1) saute d'une falaise en entrainant son époux avec elle. Il perd la vie, mais pas elle, car Aïko est la nouvelle Incarnation du Phénix. La jeune femme, horrifiée par son geste, se réfugie chez son amie Tomoe, l'héritière du Kirin, qui vit avec son mari, le maître de l'école Nakajima.
Lorsqu'il rencontre Aïko, Chihiro croit avoir trouvé celle qu'il cherche depuis des années, mais la jeune femme terrifiée refuse d'assumer ce rôle et d'affronter l'empereur. Mais elle comprend que le destin du clan Phénix dépend d'elle, et accepte de se familiariser avec son animal sacré et rencontrer les autres Suivants du Phénix. En effet, Aïko peut utiliser sa magie seule, mais elle-même et ses Suivants deviennent plus puissants lorsqu'ils joignent leurs forces.
Ensemble, Aïko et Chihiro, accompagnés de Tomoe et Kiyoshi, se rendent à Kaen pour le Conseil des cinq. Au palais de la dame Hitomi, régente du clan, les héros vont devoir affronter les pires complots et machinations pour la quête du pouvoir.