Alors que les attaques de Badniks se multiplient, le Dr Eggman est toujours étrangement silencieux... Quel sombre secret se cache derrière sa disparition ? Sonic devra être plus rapide que jamais pour percer ce mystère, car il n'est pas le seul à vouloir mettre la main sur le cruel docteur : son vieux rival, Shadow, est également de la partie ! Heureusement que le hérisson bleu peut compter sur l'aide de ses amis.
L'enquête se poursuit à vitesse supersonique dans cette aventure pleine de surprises !