La trace archéologique la plus ancienne d'une présence juive en Egypte date du milieu du VIIe siècle avant J.-C. Lorsque le pays passe sous domination romaine, toute vie juive cesse jusqu'à la conquête musulmane et l'instauration du califat omeyyade. Bénéficiant du statut de dhimmis, les juifs égyptiens connaissent des hauts et des bas. Enrichie par la venue de migrants du Proche-Orient, la communauté héberge les premiers adhérents de la secte des Karaïtes puis, à l'avènement des Fatimides et des Ayyoubides, entre le Xe et le XIIe siècles, accueille les rescapés des persécutions almohades d'Andalousie et du Maghreb.
Cet "âge d'or" égyptien prend fin avec l'arrivée au pouvoir, au milieu du XIVe siècle, des Mamelouks. Réduit à quelques centaines de familles, le judaïsme égyptien se ranime avec l'arrivée d'émigrés judéo-espagnols en 1492 puis à la suite de la conquête du pays, en 1517, par les Ottomans. L'expédition française de 1798 et l'accès au pouvoir en 1805 de Méhémet Ali ouvrent l'Egypte à l'influence européenne.
A partir de la moitié du XIXe siècle, des milliers de juifs originaires du bassin méditerranéen, du Levant et d'Europe orientale s'installent en Egypte. Un processus qui s'étiole entre les deux guerres mondiales, victime de la montée du nationalisme égyptien, de l'aggravation de la question palestinienne puis de l'irruption d'Israël sur la scène internationale, de l'émergence des Frères musulmans, de la chute de la monarchie et de l'avènement du nassérisme — des événements qui sonnent le glas de la présence juive dans la vallée du Nil.