Fils aîné d'une famille de quatre enfants, son père, Alexandre Emile Auburtin (1838-1899), architecte de la ville de Paris, est originaire de la Lorraine. Formé dans sa jeunesse par le peintre Louis-Théodore Devilly, il est admis à l'Ecole des beaux-arts de Paris, qu'il quitte sans se présenter au concours du prix de Rome. En 1897, Auburtin étudie la faune et la flore sous-marine aux aquariums de Roscoff et de Banyuls d'où il rapporte de nombreux croquis qui lui permettront de réaliser en 1898 Le Fond de la mer, grand décor destiné à l'amphithéâtre de zoologie de la SorbonneNotes 1.
Il séjourne dans les îles d'Or et longtemps à Porquerolles, puis en Bretagne où il réalise des oeuvres conservées au musée de Pont-Aven. Puis il découvre la Corse, les sommets des Pyrénées, les nombreux lacs des Landes et Talloires sur les bords du lac d'Annecy chez ses amis, le peintre Albert Besnard (1849-1934), et sa femme la sculptrice Charlotte Besnard (1854-1931)celle réalisée pour Dans son atelier du quai Carnot à Saint-Cloud, il reçoit son ami Auguste Rodin avec lequel il partageait quelques modèles.
Il réalise également de 1909 à 1920 des gouaches avec l'école de danse d'Isadora Duncan. Jean Francis Auburtin est promu officier de la Légion d'honneur