Juillet 1798, en pleine campagne d'Égypte, Napoléon Bonaparte, général en chef de l'armée d'Orient, apprend stupéfait que la flotte française est toujours amarrée dans la baie d'Aboukir, exposée à une attaque anglaise. Il envoie aussitôt son aide de camp, le jeune capitaine Prosper Jullien, remettre l'ordre à l'amiral Brueys de conduire l'escadre dans le port de Corfou. Jullien ne devra pas quitter Aboukir avant d'avoir vu ses ordres exécutés de ses propres yeux. Malheureusement, le jeune officier est assassiné près du village d'Alqam, sans avoir atteint son objectif. Apprenant la mort de son protégé, Bonaparte entreprend d'identifier les responsables de son meurtre. Bonaparte écrira, quelques semaines après le décès de son aide de camp : "J'ai été extrêmement peiné ; c'est une perte que je sais évaluer". A travers l'"Affaire Alqam", nous découvrirons les dessous d'une rébellion arabe unifiée et organisée, avec pour but l'expulsion des français du territoire égyptien.