Profit sur ordonnance a l'apparence d'une fiction d'anticipation angoissante. La trame se noue autour des enjeux de la commercialisation d'un antidépresseur dangereux, le Bienet'Mor, évalué pour ses effets indésirables par le comité de vigilance européen. En toile de fond, patients et professionnels de santé confrontent leurs inquiétudes du quotidien, dans un système médical qui les dépasse, les déshumanise et les broie.
L'un d'eux, un neurochirurgien en plein doute sur la médecine actuelle, va se heurter aux machinations d'une firme pharmaceutique.