C’est dans le temps de son auto-analyse, de 1913 à 1917, après la rupture avec Freud et la profonde régression qu’elle déclencha, que Jung fit l’expérience d’un autre centre de la personnalité que le moi, d’un centre virtuel, dont il conclura, de nombreuses années plus tard, qu’il agit comme un organisateur inconscient. Ce fut avant tout une expérience, et non une idée qui découlerait d’une réflexion théorique ou d’une pensée déductive : un fait psychique récurrent, s’imposant à l’esprit malgré sa radicale nouveauté impliquant l’existence d’un inconscient impersonnel qui n’est donc plus celui dont Freud a fait la théorie. Ainsi faut-il attendre la publication des Types psychologiques, en 1921, pour que le soi soit nommé et sommairement décrit dans sa relation au moi (« le soi est beaucoup plus vaste que le moi ; il comprend aussi l’inconscient tandis que le moi est surtout le point central de la conscience »). Par cette découverte empirique, la complexité est acceptée pour elle-même sans avoir à la réduire, comme l’a fait dans ses débuts la psychanalyse, au point de vue souvent unilatéral du moi. C’est l’homme total, conscient et inconscient, corps et esprit, qui reçoit cette expérience. Le moi gagne toujours à s’ouvrir aux mouvements souterrains du soi, ses cheminements aléatoires que l’on peut suivre à travers les rêves et qui l’engagent dans d’heureuses bifurcations, mais il demeure celui par qui, dans les limites humaines de l’espace et du temps, le réel nous parvient. C’est lui seul, comme le remarque Jung à la fin de sa vie, qui peut donner « une voix et un nom au monde et à lui-même ».
