De 1938 à 1969, François Margaine immortalise 1365 espèces de champignons sous forme d'icones. Cette collection unique, aujourd'hui conservée au muséum Cuvier du musée du château de la ville de Montbéliard en Franche-Comté, participe activement à l'inventaire des champignons, riche de 5 000 espèces. Chaque icône nous offre la vision du substrat sur lequel pousse le champignon, ce dernier étant représenté en coupe et en entier. Au dos des icônes, François Margaine notait toutes les informations relatives au champignon: date et lieu de la récolte, nom des récolteurs et description très complète des spécimens étudiés.
