Durant la Seconde Guerre mondiale, la Franche-Comté fut une région où se créèrent de nombreux maquis. Dès 1942, des jeunes gens traqués par les Allemands trouvèrent refuge dans les forêts du Haut-Pays, à proximité de la frontière suisse, et entreprirent une lutte sans merci contre l'occupant. La Franche-Comté fut aussi, dès 1942, le théâtre d'un extraordinaire pont aérien clandestin. Des dizaines de personnalités, dont les têtes étaient mises à prix – Jean Moulin, chef de la Résistance, Vincent Auriol, futur président de la République, le général Delestraint, Henri Fresnay du mouvement "Combat", Lucie et Raymond Aubrac...
– s'envolèrent de nuit, à bord d'avions de la RAF dans des conditions périlleuses, pour rejoindre à Londres le général de Gaulle. Le 6 juin 1944, ce fut l'insurrection. Harcelés sans répit, les nazis durent battre en retraite non sans avoir commis des crimes inqualifiables. Comme au XVIIe siècle, les habitants de cette province n'avaient pas fait mentir leur fière devise: Comtois rends-toi! Nenni ma foi!
