Originaire de Dompierre (FR), André Musy obtient en 1970 son diplôme d'ingénieur EPFL en génie rural et géomètre, suivi d'une maîtrise en hydrologie, en statistique et d'un doctorat de l'EPFL dans le domaine de la physique du sol. II continue sa formation dans diverses universités américaines, à Davis notamment, avant de revenir à l'EPFL où il est chargé de cours en hydrologie et chef de travaux à l'Institut de génie rural. II est aussi chargé de cours dans plusieurs universités étrangères. De 1978 à 1983, il dirige des projets en hydrologie et aménagements de l'Organisation météorologique mondiale et du Programme des Nations Unies pour le Développement en Afrique subsaharienne principalement. Dès 1983, il est professeur à l'EPFL, titulaire de la chaire de génie rural. Actuellement, il dirige l'Institut des Sciences et Technologies de l'Environnement et le laboratoire Hydrologie et Aménagements. II est expert auprès de nombreuses organisations internationales.