Dans sa définition territoriale actuelle, la Franche-Comté est composée de quatre départements : du nord au sud, le Territoire de Belfort, la Haute-Saône, le Doubs et le Jura. Au total sa superficie (16 202 km2) représente 3 % du territoire national, ce qui est peu. En fait, ces nombres ne reflètent pas la richesse et l'originalité d'une histoire commencée très tôt, puisque la plus ancienne présence de l'homme, sur le sol comtois, remonte à un demi-million d'années, avec la découverte à Vergranne, village situé au nord de Baume-les-Dames, d'une dent ayant appartenu à un enfant.
Sans avoir la prétention de se substituer aux histoires de la Franche-Comté existantes, beaucoup plus développées, quatre universitaires se sont regroupés pour dégager les lignes de force d'une évolution souvent inattendue. A Hélène Walter revint la tâche de conduire le lecteur jusqu'à la fin de l'Antiquité romaine. Pierre Gresser s'est attaché à décrire le millénaire médiéval, longue période commençant au Ve siècle avec les invasions dites barbares, pour déboucher sur les XVIe, XVIIe et XVIIIe siècles qualifiés de "modernes" , qui retinrent l'attention de Maurice Gresset.
Quant à l'époque contemporaine, postérieure à la Révolution française, elle a donné lieu à une synthèse sous la plume de Jacques Gavoille.