Petit Tom vit à Nosy Nato, une toute petite île de l'Océan indien située tout près de l'île Sainte Marie et Madagascar. Il partage sa vie tranquille entre la pêche, le lagon, l'école et ses copains... Un matin, il délivre une tortue prise au filet sur la barrière : la vieille bête se révèle être une redoutable magicienne qui, pour le remercier, lui donne le pouvoir de comprendre tous les langages de la mer. Peu après, la Très Vieille Tortue, qui s'est liée d'une étrange amitié avec le garçon lui offre un don plus merveilleux encore : désormais Petit Tom pourra vivre indéfiniment sous l'eau : respirer, nager, dormir ou communiquer, tout comme elle. Les deux amis décident de partir à l'aventure : ils s'en vont à la recherche du Trésor des Pirates qui, il y a plusieurs siècles, écumaient la Route des Epices. Ce long voyage sous-marin les entraînera dans un long périple, où ils vivront diverses péripéties rencontres mouvementées, dangers et découvertes.
