Fils du professeur Jules-Marcel Nicole, Émile Nicole, après des études à l'Institut Biblique de Nogent-sur-Marne et à la Faculté de Théologie Évangélique de Vaux-sur-Seine, s'est engagé dans l'Union des Églises Évangéliques Libres comme pasteur-assistant à Nîmes (1967-1969) puis comme pasteur à Nice (1969-1974). Professeur à l'Institut Biblique Emmaüs en Suisse de 1974 à 1978, il enseigne l'Ancien Testament à la Faculté de Théologie Évangélique de Vaux-sur-Seine depuis 1978. Il est titulaire d'un doctorat d'État en théologie protestante de l'Université de Strasbourg (1987).