Le Livre III débute par l'histoire de l'intervention perse en Egypte : guerre de Cambyse contre Amasis, prise de Memphis, cérémonies du boeuf Apis, disparition de Cambyse. Puis il aborde l'histoire de la révolte des Samiens contre les Perses, menée par le tyran de Samos Polycrate. Après la mort de Cambyse, et la tentative de prise de pouvoir par les mages, Darius I accède à la tête de l'empire perse ; Hérodote rapporte la réorganisation administrative et financière opérée par le nouveau souverain. Suit un exposé des connaissances d'Hérodote sur les peuples de l'Inde et de l'Arabie, moeurs, coutumes, productions remarquables... Le livre s'achève sur la répression des Perses contre Samos ; puis le siège et la prise de Babylone soulevée par la reine Zopyre.
