Ruka, collégienne éprise de liberté, vit au bord de la mer. Alors que les vacances d'été commencent à peine, elle fait la connaissance de deux garçons. Umi et Sora. Ils lui dévoilent un formidable secret: depuis leur plus tendre enfance, ils sont élevés par des dugongs, étranges et doux mammifères marins menacés de disparition. Les deux garçons fascinent Ruka, ils nagent si facilement dans la mer, c'est comme s'ils volaient dans le ciel... Ce même été, des milliers de poissons disparaissent, comme évanouis, partout dans le monde - en pleine mer, et jusque dans les aquariums. Quelle est la cause de ce phénomène mystérieux? Et pourquoi tant de gens s'intéressent-ils à Umi et Sora?...
