Alors qu'elle est encore adolescente, Carole prend ses distances avec sa famille catholique et ses valeurs traditionnelles. Solitaire et repliée sur elle-même, elle entre à l'école des beaux-arts de Nantes où peu à peu, elle reprend confiance en elle. C'est alors qu'elle rencontre Stéphane. Stéphane est beau, plein d'assurance, et surtout, il s'intéresse à elle. Carole tombe sous le charme et s'investit dans cette relation.
Mais rapidement, elle se retrouve isolée, coupée des autres et du monde, à mesure que Stéphane, embrigadé par des discours masculinistes trouvés sur internet, se transforme... Porté par un dessin minimaliste et expressif, En territoire ennemi expose avec justesse les mécanismes qui mènent progressivement à l'isolement pour Carole et à l'extrême droite pour Stéphane. Un récit poignant, brutal et courageux sur la domination masculine sous ses formes les plus insidieuses et radicales.