L'émergence d'une petite minorité protestante en France à partir du milieu du XVIe siècle a posé le problème de la compatibilité entre le pluralisme religieux et la préservation de la cohésion nationale incarnée par l'état. En effet, la religion unique apparaissait comme le meilleur ciment de l'état nation. C'est pourquoi l'édit de Nantes, séparant le politique du religieux et imposé par Henri IV pour sortir de la guerre civile, est révoqué par Louis XIV.
Si la Révolution française commence par inscrire la liberté religieuse au rang des Droits de l'homme, elle se révèle, ensuite, incapable de concrétiser ce principe dans les faits. La crise du système concordataire à partir de l'implantation de la IIIe République conduit au choix de la séparation des églises et de l'état (1905). La laïcité devient ainsi le socle de la défense des libertés mais n'empêche pas les tensions de la guerre scolaire et les poussées d'antisémitisme. Les pratiques d'une toute nouvelle communauté musulmane française et le relatif succès des sectes font, à nouveau, de ce débat une question d'actualité.
Cette analyse sur cinq siècles des rapports entre l'état et les confessions religieuses nous permet de comprendre comment la France est passée de l'intolérance à la concorde religieuse, de la tolérance honteuse à la défense des libertés dans la laïcité.
