Alors qu'il se promène dans les bois, Nathan, un jeune garçon, tombe sur une machine à capsules près d'un arbre sacré. Quand il ouvre l'une des capsules, il fait apparaître un Yo-Kai nommé Whisper, qui lui donne une montre spéciale, connue sous le nom de Yo-Kai Watch. En l'utilisant, Nathan a enfin la possibilité de voir les nombreux Yo-Kai qui hantent les humains et qui sont responsables de toutes leurs bêtises ! Dans cette première aventure, Nathan fait notamment la connaissance de Jibanyan, un adorable chat transformé en Yo-Kai farceur.
