Après avoir sauvé Métropolis d'une invasion alien, Superman est désormais reconnu comme un véritable super-héros à travers le monde. De son côté, Batman, le gardien de Gotham City, souhaite plus que jamais combattre les criminels de l'ombre. Mais quand le diabolique docteur Babrius Esope s'échappe d'Arkham Asylum, les deux super-héros s'emparent de l'affaire et un jeune garçon va se retrouver pris entre deux feux...
