Les Magical Girls sont finalement envoyées pour répondre aux brusques attaques terroristes de l'armée de Babel. Jade est chargée de s'occuper de Shau, capable de manipuler les gens avec sa musique, et d'un guerrier magique pouvant créer et contrôler des golems à sa guise. Soyon et Claire doivent, quant à elles, défier Varvara, la "Necromancer". Enfin, Asuka, Kurumi et Mia se retrouvent à affronter deux versions améliorées de Zmey.
Pendant ce temps, Sayako, tombée entre les griffes de l'armée de Babel, est utilisée à des fins machiavéliques. Pour faire face à cette situation inédite, les Magical Five et les Magical Girls de deuxième génération sont unies pour la première fois sur le champ de bataille !