A peine la résistance est-elle sortie du souterrain qu'une armée d'Altered surveillants l'attend de pied ferme. Les obstacles sont nombreux et les évènements s'enchaînent à un tel rythme que Ryô et les autres n'ont pas le temps de se reposer. Sur le chemin vers le district central, ils tomberont dans une zone particulière où ils retrouveront de vieux amis. Ce sera le moment tant attendu de la rencontre entre Ryô et celui qu'il a pris pour le responsable de la mort de sa mère. Une fois les protagonistes principaux réunis, l'homme le plus érudit de l'île expliquera enfin tous les éléments encore obscurs de l'Area D.
