L'intégration différenciée contient en germe des risques pour l'unité européenne mais ces dangers ne se sont pas concrétisés. Elle peut être conciliée avec l'unité structurelle qui recouvre tant les principes structurels que l'unité institutionnelle. Si sa mise en ouvre nécessite une adaptation du système institutionnel, ses modifications s'avèrent suffisamment réduites pour ne pas menacer l'unité institutionnelle. Une conciliation est également possible avec l'unité normative. D'abord, la fragmentation du droit de l'Union semble limitée clans la mesure où, d'une part, les régies différenciées relèvent de l'ordre juridique communautaire et, d'autre part, les institutions veillent à la cohérence de ce droit. Ensuite, la différenciation ne semble pas avoir vocation à se poursuivre indéfiniment dès lors que les deux facteurs de non-participation paraissent trouver une réponse. D'un côté, les États voulant, mais ne pouvant rejoindre leurs partenaires, ont l'assurance de pouvoir le faire dès la résorption de leurs difficultés. De l'autre, les États capables, mais non désireux d'avancer, se voient peu à peu persuadés de rallier le groupe, du fait de la pression exercée sur eux. L'intégration différenciée semble ainsi différer davantage que compromettre l'unification.
