Voilà trois ans que le médecin des temps modernes, Jin Minakata, a été transporté vers la fin de l'ère Edo. Finalement résolu à y vivre, Jin s'investit avec ferveur dans la production de poudre de pénicilline qui serait à même de transformer le paysage médical de l'époque. Mais à l'occasion d'un voyage de consultation à destination du fiel de Kawagoé, il fait la rencontre d'une étrange petite fille! Un nouveau chapitre bouleversant marqué par le sceau du destin s'ouvre, le "Chapitre du mirage"!
