Alors que son rival, Sir Layton, possède désormais une longueur d'avance sur lui pour élucider le mystère de l'Ordre du Temple, Iriya fait la rencontre d'un ancien catcheur, à Malte. Les propos tenus par le vieil homme vont mettre Iriya sur la piste d'une bibliothèque secrète nazie, cachée dans les sous-sols de Berlin. L'occasion pour l'archéologue de rencontrer certains des protagonistes d'une affaire étonnante, qui s'était déroulée dans l'obscurité de ce labyrinthe tentaculaire vingt-cinq ans plus tôt, avant la chute du mur de Berlin.
