Depuis qu'ils ont été recrutés par la Ligue des Enfants Ordinaires, Jonathan Murray et Shelley Brown, 12 ans, ont secouru le vice-président des États-Unis, et ont évité une terrible épidémie en récupérant in extremis un virus qui réduisait les capacités intellectuelles des humains (soyons honnêtes : qui rendait les gens idiots). Contre toute attente, ils ont curieusement réussi à sauver le monde... deux fois !
Mais à présent, les parents de Jonathan ont été arrêtés par la CIA qui les accuse de haute trahison. Et pour les libérer, il va falloir affronter l'Ordre de Merium, une organisation secrète si puissante qu'elle a déjà changé le cours de l'Histoire par le passé... et pas en bien. Les espions si ordinaires auront-ils encore une fois un coup de chance extraordinaire ?