Au théâtre comme dans la vie, l'ennemi avance masqué. Octobre 1886. Dans les rues de la capitale, un criminel affublé d'un masque de Guignol terrorise Paris en agressant brutalement des notables. Depuis le coup d'Etat raté, l'insécurité règne. De nombreux membres des "Reptiliens" , déçus par leur échec et toujours en liberté, veulent continuer la lutte. Ce mystérieux Guignol pourrait-il en faire partie ? Mais l'agresseur n'a laissé aucune trace, aucune piste tangible, et continue de semer la peur.
La Confrérie de Vidocq mènerait bien l'enquête si elle ne connaissait des tiraillements internes. Charles a choisi d'aider son ami d'enfance, Raoul d'Andrésy, à commettre un cambriolage risqué. Le but est de pouvoir financer l'évasion d'un garçon, Gaston, emprisonné dans l'horrible prison de la Petite Roquette. Eugénie se retrouve donc seule avec Arthur pour résoudre l'énigme de celui que la presse surnomme déjà "Le Guignol Maléfique" .
Mais elle va s'apercevoir que cet effrayant personnage semble la connaître ! Il s'est immiscé dans son entourage et menace le bon déroulement du plan que Charles est en train de concocter avec Raoul. Alors que la psychose gagne les rues, Eugénie va bientôt voir s'affronter les futurs Prince des Voleurs et Génie du Mal... Eugénie et les Mystères de Paris conte les péripéties d'une bande de gamins enjoués aux parcours accidentés, par le scénariste et réalisateur du film d'animation à succès Ballerina.
