Membre du cercle des libertins érudits du XVIIe siècle, Gabriel Naudé, bibliothécaire et grand savant, était aussi médecin. Son regard « médical » se traduit par une perspective naturaliste et matérialiste qui cherche dans la nature et uniquement en elle la cause de tous les phénomènes, y compris des prétendus miracles, selon un modèle d’explication où la vie et l’âme sont ramenées au jeu de la chaleur innée et de l’ « humidité radicale ». Ce schéma est repris par plusieurs libres penseurs, parmi lesquels Cyrano de Bergerac. Par sa méthode historico-critique, qui fait de lui une source importante de Pierre Bayle, et par une écriture oblique, Naudé formule une critique radicale des religions grâce à un usage savant des citations qui incite le lecteur à décrypter ses textes. Naudé écrit avec une grande liberté intellectuelle et est profondément hostile au fanatisme des théologiens et à la superstition du peuple. Ses idées, cependant, ne sauraient être communiquées à tous : son monde reste partagé entre les esprits forts, qui ont la possibilité de s’émanciper, et les esprits faibles, condamnés à perpétuer l’erreur.