Au coeur de la première modernité, Cîteaux, qui est à la fois une abbaye française et un chef d'ordre européen, se trouve confronté aux pouvoirs politico-religieux extérieurs. Malgré l'autonomie croissante des congrégations nationales, Cîteaux demeure un réseau international implanté de la Pologne au Portugal et de l'Irlande à la Sicile. La crainte d'un schisme interne à l'ordre pousse à réformer largement les institutions : face aux ingérences des princes et des cardinaux, les instances dirigeantes se réorganisent pour maintenir le contrôle des établissements cisterciens, qui se comptent par centaines.
Incarnant l'unité de l'ordre et réunissant une autorité à la fois fonctionnelle et personnelle, l'abbé de Cîteaux est ainsi à la tête d'une organisation transnationale qui, contrairement à ce qui est généralement avancé dans l'historiographie, conserve au XVIIe siècle la capacité à défendre son autonomie institutionnelle.