Ecrit en trois versions successives, la dernière en 1880, Le Crime du Padre Amaro présente d'évidentes parentés avec Madame Bovary de Flaubert pour la description du microcosme d'une petite ville de province et avec La Faute de l'abbé Mouret de Zola. Le sujet est, en effet, apparemment le même: la liaison d'un prêtre avec une jeune fille. Mais, chez Queiroz, le Padre Amaro est un séducteur conscient et cynique, incarnation de l'hypocrisie religieuse et sociale de son temps. Le roman est violemment anticlérical. Il reflète le drame intime de l'auteur, celui de sa naissance illégitime (ses parents ne le reconnaîtront qu'à l'âge de quarante ans), et un rapport ambigu avec la "bonne société". Un ton acerbe, très ironique, contrebalance des pages d'un lyrisme échevelé. "Derrière la caricature, apparaît, soigneusement camouflée, une grande finesse psychologique", écrivait dans Le Monde Jacques Bonnet, lors de la première parution en 1985. Un des grands romans de la littérature portugaise.