L'ancienneté du temple de Karnak et la genèse du culte d'Amon ont longtemps fait l'objet de débats aux conclusions incertaines, faute d'indices déterminants, mais il est désormais possible de proposer de nouvelles hypothèses sur le développement du site et l'essor du culte d'Amon. Le Nil a connu des changements importants de son cours et il semblé que le site de Karnak, primitivement situé rive gauche, soit devenu une île inhabitée durant l'Ancien Empire.
Sous la XIe dynastie, après le rattachement de l'île à la rive droite, les nouveaux dynastes thébains mirent à profit les terres émergées pour édifier un sanctuaire, consacré à Amon-Ré, garant de leur légitimité. Cette divinité, quoique nouvelle, n'a pas été élaborée ex nihilo : elle synthétise le concept memphito-héliopolitain d'Imn, "caché", la dimension solaire empruntée à Ré-Atoum d'Héliopolis, l'iconographie et les liturgies coptites du dieu Min.
Amon-Ré devint ainsi, pour ces souverains originaires du Sud, le dieu qu'ils avaient révélé et que les rois précédents n'avaient pas su reconnaître.