Pour son dernier cours au Collège de France, Philippe Sansonetti invite à réfléchir sur le regard que nous portons sur les microbes et sur les maladies infectieuses. En effet, s'il est très improbable que nous parvenions jamais à un monde sans microbes, nous avançons à grand pas vers un monde appauvri en microbes, ce qui aura des conséquences notables. Si le scénario "pessimiste" - à savoir l'effondrement total de la vie végétale et animale (on se trouverait alors dans une situation similaire à la disparition de la Mésopotamie du fait de l'épuisement des sols) - peut sans doute être évité, le scénario "optimiste" est toutefois celui d'un appauvrissement massif, difficilement réversible, en richesse et diversité des espèces vivantes.
A travers son interprétation libre de l'Evangile selon saint Matthieu, "tu aimeras tes microbes comme toi-même" , l'auteur en appelle à un changement assez radical de point de vue : s'il faut maîtriser les infections, il faut aussi préserver nos microbes, du moins les microbes non pathogènes. Cette perspective nécessite des changements drastiques dans nos approches médicales, vétérinaires et de la santé des écosystèmes.