Jean-Pierre Thomas a publié une vingtaine d'ouvrages, parmi lesquels un guide des effigies de Paris (L'harmattan), un essai sur l'histoire des préfets (Imprimerie nationale), une biographie du conventionnel Bertrand Barère (Desjonquères) et une autre du banquier de Louis XV Jean-Joseph de Laborde (Perrin), un double portrait du Régent et de l'Abbé Dubois (Payot), ainsi qu'une édition critique des Mémoires de Barras (Le Mercure de France), qui lui ont valu de recevoir le prix Claude Bertault, de l'Académie des Sciences Morales et Politiques ainsi que le Prix Hugues-Capet. Il doit publier prochainement une histoire littéraire du Sénat, en deux volumes, fruit de dix années de recherches.
