Parce qu'elle offre un plaisir littéral, celui du récit, et promet en même temps un sens dissimulé sous la séduisante enveloppe de la fable, l'allégorie prend place au plus près des formes romanesques. De fait, elle ne doit pas être entendue seulement sur le plan stylistique, mais comme une figure qui structure en profondeur Les Rougon-Macquart et sollicite ainsi le lecteur. Eléonore Reverzy montre en effet comment Zola se bat avec l'idée ou plus exactement avec les formes qu'il choisit pour en concrétiser la mise en intrigue. La question de la clarté s'avérant particulièrement riche d'implications pour l'esthétique naturaliste, l'allégorie est interrogée ici comme facteur de lisibilité. Et là où le romancier déclare que ses personnages "racontent le second Empire, à l'aide de leurs drames individuels", La Chair de l'idée expose la manière dont la construction allégorique se déploie dans divers champs: l'histoire, dont l'écriture motive les grands déplacements analogiques, la philosophie ou l'éthique zolienne qui justifient le recours à de multiples procédés d'incarnation, enfin la représentation de la création artistique. Aussi, est-ce un roman "pensif" que cet essai fait le pari de lire dans Les Rougon-Macquart.