C'est le printemps. Le temps a passé depuis l'attaque de Toneri Ôtsutsuki. Sakura ouvre une nouvelle voie dans le domaine médical. Elle travaille beaucoup, mais son quotidien est paisible. Elle encourage les idylles de ses amis et se demande combien de temps elle devra attendre celui qu'elle aime. C'est alors qu'apparaît un homme traînant sa part d'ombre. En tant que médecin ninja d'une nouvelle ère et en tant que femme, Sakura va devoir affronter une épreuve décisive !