Nekomura-san conte l'histoire de Neko Nekomura, la femme de ménage la plus populaire du Japon ! Dessinée sous les traits d'une chatte, Madame Nekomura est employée dans une famille bourgeoise. Elle y observe tout ce qui s'y passe et cela ne manque pas de l'intriguer ! Elle est très travailleuse mais elle ne peut s'empêcher de fouiner par-ci par-là et découvrira même des secrets.
