Bowman se réveille après un second coma cryogénique. Alors qu'il s'attendait à être entouré des scientifiques de l'Arche, prêts à le soigner de son empoisonnement, il se retrouve seul dans un environnement qui lui est devenu inconnu. A la recherche de ses équipiers, il s'engage dans un inonde foncièrement différent de celui qu'il connaissait, bien que Bowman comprend que la planète n'a pas encore révélé sa principale menace.
Seulement s'y attaquer peut s'avérer difficile dans un monde qui a régressé technologiquement et où les religions ont pris le pas sur la science.