Il y a près de 40 000 ans, le Japon n'est pas encore l'archipel que l'on connaît : reliées au continent, ces terres aux reliefs hostiles et aux conditions climatiques et géologiques capricieuses – une trentaine de volcans sont en activité – accueillent les premiers hommes, une dizaine de milliers tout au plus, venus de Corée, de territoires plus au Sud ou encore de Sibérie. Son immensité longitudinale a des conséquences sur le développement des sociétés et, au cours des temps anciens, plusieurs sphères culturelles coexistent.
Dans l'est et le nord-est des chasseurs-cueilleurs se sédentarisent et sont parmi les premiers au monde à élaborer une poterie sophistiquée, qui fait la réputation de la culture Jômon, mais ne s'engagent jamais dans la " révolution néolithique ". A l'inverse, la culture Yayoi au nord-ouest de Kyûshû introduit l'agriculture et la riziculture inondée. Puis apparaissent dans le Yamato les premières traces d'un Etat, auquel échappent longtemps des sociétés locales périphériques, avant que le Japon en tant qu'Etat centralisé avec à sa tête un empereur, le tennô, surgisse soudainement dans le dernier tiers du VIIe siècle.
L'Etat des Codes qui se met alors en place représente un moment majeur de l'histoire japonaise : les institutions créées au tournant des VIIe et VIIIe siècles vont perdurer, sous de multiples formes, jusqu'aux années 1870. A partir des résultats produits par l'archéologie japonaise, l'une des plus dynamiques au monde, d'une iconographie méconnue et de cartes inédites, les auteurs retracent une histoire peu conventionnelle du Japon ancien, des origines de l'humanité dans l'archipel jusque vers l'an mille.