A la veille de la seconde guerre sino-japonaise (vers 1930), Takashi Nagaï est un étudiant brillant et insouciant, fréquentant la prestigieuse université de médecine de Nagasaki. A la mort soudaine de sa mère, ses convictions athées et matérialistes chancellent : à l'ombre de la cathédrale d'Urakami et soutenu discrètement par Midori, la fille de ses hôtes, Takashi chemine dans la foi et se convertit résolument au christianisme.
Aux côtés de la jeune Midori, avec laquelle il se marie à son retour de la guerre en Mandchourie, il tente courageusement de construire un foyer heureux malgré la misère qui s'installe dans son pays et le déclenchement de la seconde guerre mondiale. Mais le tragique et la grande histoire font basculer leur vie simple et joyeuse : tout d'abord la leucémie que Takashi Nagaï contracte avec ses recherches passionnées en radiologie, puis l'inimaginable qui survient le 9 août 1945, lorsqu'une bombe de type inconnu pulvérise Nagasaki et emporte la bien-aimée Midori.
Tout, absolument tout s'écroule autour du chercheur. Dans cet extrême dénuement, la foi en Dieu du docteur Nagaï va atteindre une profondeur inédite. Son témoignage lumineux de paix, d'espérance et de charité bouleversera de nombreux Japonais, avant de se propager bien au-delà des frontières du pays du soleil levant. Un procès en béatification commun a été ouvert en 2021 pour Takashi et Midori Nagaï.