An X de l'ère de Reiwa. Un glissement de terrain vient perturber la fosse des Mariannes, partie la plus profonde de la croûte terrestre, et provoque un terrible tsunami qui ravage le Japon. La jeune Sakimori Kanoe se retrouve alors coincée sous les débris de sa propre maison, les jambes brisées, sans aucune échappatoire. Elle est secourue par les forces japonaises d'autodéfense (les FJA), c'est le déclic pour elle : elle aussi, elle deviendra un soldat capable de sauver des vies.
Mais ce qui ressemble à une simple catastrophe naturelle va en réalité bouleverser la tranquillité de l'humanité... Quatre ans plus tard, un monstre marin est aperçu aux alentours de la fosse, il est gigantesque, destructeur, impitoyable : c'est un kaijû. Une luttesans merci débute alors pour les FJA qui tentent de repousser ces terribles monstres envahisseurs. Dans leurs rangs, Sakimori pourrait bien devenir l'héroïne dont le monde a besoin pour sortir de ce cauchemar...
