Depuis que le monde a découvert l'existence des Améliorés, les gouvernements ont essayé de mettre à leur service ces personnes aux pouvoirs extraordinaires. En France, l'Agence rassemble désormais ces humains un peu spéciaux devenus des PsychoAgents. Septembre 2063 Raphaël entre au Collège, établissement formant les futurs PsychoAgents, mais son pouvoir particulier le rend invisible aux yeux de tous.
Après avoir déjoué un vol, Raphaël devient le Fantôme, un être plein de mystère pour les Collégiens. Avec ses amis, Younès, Alyssa et Malaury, il va tenter d'enquêter sur la disparition de nombreux élèves. Mais le Réseau, cette inquiétante organisation responsable des enlèvements, n'est-il pas trop puissant pour qu'ils soient en mesure de s'y opposer ?
