Lors de la Troisième Guerre mondiale, la majorité de la surface habitable a disparu. Les humains ayant survécu ont instauré le traité de Babylone, bannissant l'armement militaire. Shion est un jeune garçon de 12 ans au QI si élevé qu'il a été promu par l'État. Grâce à son intelligence, Shion peut ainsi vivre aisément avec sa mère à Chronos, le quartier luxueux de N° 6, sixième région habitable restante. La nuit de son anniversaire, il rencontre un jeune garçon du même âge que lui blessé au bras, dont il se dépêche de prendre soin. Mais Shion apprend que le garçon est un criminel. Toutefois, pour il ne sait quelle raison, Shion ne peut pas le dénoncer et décide de s'occuper de lui. Le fugitif lui apprend alors qu'il s'appelle Nezumi, ce qui signifie "rat", et que, contrairement aux dires du bureau de sécurité, il ne s'est pas échappé lors de son transfert au camp correctionnel !
